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Das Medizinische Proteom-Center der Medizinischen Fakultät sucht ab dem nächstmöglichen Zeitpunkt eine*n

(Bio-)Informatiker*in / Statistiker*in (m/w/d) in einem DFG-Projekt zur Methodenentwicklung in der Bioinformatik der Proteomik für die Dauer von 3 Jahren mit 39,83 Wochenstunden  (TV-L E13)

Das Medizinische Proteom-Center ist eines der führenden Institute für die Proteom- und Proteinanalytik. Seit 2019 ist es als Kompetenzbereich „Medizinische Proteomanalyse“ Teil des Forschungsbaus „PRODI – molekulare Protein-Diagnostik“. Der Forschungsbereich "Medizinische Bioinformatik" betreibt Forschung im Bereich Bioinformatik der Proteomik und wertet quantitative Proteom-Daten statistisch mit eigenen Tools und Algorithmen aus.

In der massenspektrometrie-basierten Bottom-Up Proteomik werden Proteine vor der Messung in kleinere Peptide verdaut. Insbesondere nicht-eindeutige Peptide führen zu Problemen bei der Quantifizierung von Proteinen. Im Rahmen des DFG-geförderten Forschungsprojekts „BiPeptPro: Improved protein quantification with mathematical optimization techniques using bipartite peptide-protein graph structures“ soll ein bestehender Modellierungs-Ansatz zur Protein-Quantifizierung unter besonderer Berücksichtigung nicht-eindeutiger Peptide weiterentwickelt werden. Das aufgestellte Modell soll dabei als Optimierungsproblem gelöst werden. Dazu sollen bipartite Graphen verwendet werden, die die Beziehung zwischen Proteinen und Peptiden darstellen. Ziel ist es auch, die Methodik in konkreten biomedizinischen Biomarker-Studien anzuwenden.

Umfang: Vollzeit
Dauer: befristet
Beginn: nächstmöglich
Bewerben bis: 18.06.2024

Ihre Aufgaben:

  • Wissenschaftliche Weiterentwicklung der Methodik der Protein-Quantifizierung insbesondere für Proteine ohne eindeutige Peptide.
  • Entwicklung einer Strategie zum Umgang mit fehlenden Werten in den Peptid-Daten für die Protein-Quantifizierung.
  • Entwicklung einer Methode zur Berechnung der Unsicherheit der geschätzten Protein-Ratios unter Nutzung von Bootstrap-Verfahren.
  • Evaluierung und Methodenvergleich durch Simulation und reale Datensätze.
  • Weiterentwicklung der Software (R-Paket), insbesondere unter dem Aspekt der Nutzerfreundlichkeit.
  • Verfassen von Projektberichten und Mitarbeit an wissenschaftlichen Publikationen.
  • Nach ausführlicher Einarbeitung, selbstständiges Erarbeiten weiterer Methoden in der Proteomik-basierten Bioinformatik.
  • Es besteht die Möglichkeit zur Promotion.

Ihr Profil:

  • Sie haben ein abgeschlossenes Studium (Diplom/Master) der (Bio-)Informatik, Statistik, Mathematik oder eines vergleichbaren Studiengangs.
  • Außerdem haben Sie Kenntnisse und/oder Erfahrungen in den folgenden Bereichen der wissenschaftlichen Datenanalyse im Bereich der Lebenswissenschaften:
    - Algorithmen, Methoden und Anwendung von statistischen Verfahren für die Auswertung von großen Datenmengen.
    - Programmierung in mindestens einer der Programmiersprachen R oder Python oder einer vergleichbaren Skriptsprache.
    - gute Englischkenntnisse.
    - wünschenswert sind Erfahrungen mit Optimierungsmethoden, mit Grundlagen der Graphtheorie oder im Umgang mit fehlenden Werten.

Wir bieten:

  • anspruchsvolle und abwechslungsreiche Aufgaben mit hoher Eigenverantwortung
  • ein freundliches und kollegiales Umfeld
  • ein dynamisches Umfeld
  • einen modern ausgestatteten Arbeitsplatz

Weitergehende Informationen:

Erfolgt die Finanzierung bei der Einstellung ausschließlich von externen Drittmittelgebern, besteht für die Beschäftigten keine Verpflichtung zur Übernahme von Lehrverpflichtung.

In Auswahlgesprächen besteht auf Wunsch der sich bewerbenden Person (m/w/d) die Möglichkeit der Beteiligung des Personalrats. https://www.wpr.ruhr-uni-bochum.de/

Informationen zum TVL finden Sie unter: https://oeffentlicher-dienst.info/

Die Ruhr-Universität Bochum (RUB) ist eine der führenden Forschungs­universitäten in Deutschland. Als reform­orientierte Campus­universität vereint sie in einzig­artiger Weise die gesamte Spann­breite der großen Wissenschafts­bereiche an einem Ort. Das dynamische Mit­einander von Fächern und Fächer­kulturen bietet den Forschenden wie den Studierenden gleicher­maßen besondere Chancen zur inter­disziplinären Zusammen­arbeit.


Die RUB steht für Diversität und Chancengleichheit. Daher fördern wir die Zusammenarbeit heterogener Teams und den beruflichen Weg von Menschen, die in den jeweiligen Arbeitsbereichen unterrepräsentiert sind. Die RUB wünscht ausdrücklich die Bewerbung von Frauen. In Bereichen, in denen sie unterrepräsentiert sind, werden sie bei gleicher Qualifikation bevorzugt berücksichtigt. Bewerbungen von Menschen mit Behinderung sind uns ebenfalls sehr willkommen.

Ansprechpartner/in für weitere Informationen:

Karin Schork, Tel.: +49234 32 18076
Prof. Dr. Martin Eisenacher, Tel.: +49234 32 18104

Fahrtkosten, Übernachtungskosten und Verdienstausfall bzw. sonstige Bewerbungskosten für Vorstellungsgespräche können leider nicht erstattet werden.

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung unter Angabe der ANR 3305 bis zum 18.06.2024 per E-Mail an folgende Adresse: karin.schork@rub.de

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